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MCACellAtlas:单细胞测序数据库的应用与应用

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数据库

针对人类和小鼠的各种细胞类型的手动策划和实验支持的标记物的集合。 当前版本包括 656 种组织、2578 种细胞类型和 26915 种细胞标记。 还开发了6款在线小工具,功能包括细胞注释、细胞聚类、细胞分化、细胞通讯等。

我们可以用它来查找与特定组织或细胞类型相对应的基因。 反过来,我们还可以通过搜索细胞亚群的顶级基因来确定细胞类型。

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MCA数据库

MCA(Mouse Cell Atlas)是基于-seq高通量单细胞测序的小鼠单细胞数据库。 MCA数据库的主要功能分为三类:浏览、检索和标注。 当前版本的MCA 3.0数据库包括40多个小鼠器官组织和超过260万个单细胞数据集。

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疾病预防控制中心数据库

CDCP(Cell-omics Data)共享和整合复杂的单细胞数据集,并提供单细胞数据分析工具和可视化服务,方便研究人员访问和探索已发表的单细胞数据集。 主页如下。

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通过选项页面,我们还可以将我们的单细胞测序数据上传到CDCP数据库。 具体方法请参考页面操作指南。

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数据库

大多数单细胞研究都关注但忽视了 mRNA,事实证明 mRNA 更丰富且具有显着的细胞特异性。 这里我们分享一个单细胞数据库,可以用来分析和比较单细胞RNA-Seq数据中mRNA的表达和功能。

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目前提供了人类、小鼠、斑马鱼、果蝇、酵母等5个物种的单细胞转录组分析数据。 单击顶部菜单栏中的 可查看详细的数据集信息。

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细胞×基因数据库

CELL×GENE是目前最大的包含多种单细胞技术的数据资源中心。 其特点是细胞亚群被仔细、清晰地注释并显示在分类树中。 它内置了多个强大的工具,可用于单细胞数据处理和分析,如数据集搜索、下载、分析、注释等。

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HCL数据库

单细胞数据库HCL(Human Cell)在单细胞水平上确定人体主要器官的细胞类型组成,构建人体细胞景观图。

该数据库主要分为Home、Run-scHCL、FAQ等七个版块。 HCL网站的功能和更新在主页上有描述。 点击Human info查看人体组织信息,点击-seq查看-seq实验。 计划。

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迪斯科数据库

DISCO是一个深度集成的单细胞组学数据库,集成了来自13,921个样本的超过6000万个细胞,涵盖461种细胞类型。 DISCO主要针对单细胞研究相关的临床和科研人员,对于研究健康和患病组织的异质性有很大帮助。

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DISCO的使用非常简单。 点击主页上不同组织器官对应的图标,可直接查看相应组织的细胞图谱。 例如,选择在此处查看 Brain 的数据。

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细胞数据库

Cell是一个单细胞研究项目数据库,可用于查询不同细胞类型的研究项目和基因表达。 目前包含624个研究项目和超过3800万个细胞的数据信息。 让我们一起来了解一下Cell吧。

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好了,这次单细胞数据库教程就分享到这里啦!

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