教程中（实用指南|Loupe数据挖掘系列教程

本视频主要内容包括五个部分：

第1部分

多样本单细胞数据结果显示

第2部分

细胞亚群注释

第三部分

样本间差异基因比较

第 4 部分

聚类结果显示在放大镜中

第五部分

质量控制和重组-

在实际的科研项目中，我们一般不会只使用一份样本进行单细胞实验。 我们经常选择疾病与正常样本、不同时间点的样本、不同类型的样本、不同部位的样本等作为对照进行研究。 那么，我们在分析数据的时候，除了比较亚组之间的差异之外，还需要比较样本。 在本教程中，我们将介绍这部分内容。

除了Cell之外，这个软件包在单细胞数据分析文章中也被大量使用。 它可以进行细胞聚类和后续分析，但无法直观地显示聚类结果。 然而，Loupe包含自定义分组和坐标的功能。 我们可以使用获得的分组信息和tsne/UMAP坐标信息在Loupe中显示分组结果。

此外，Loupe .0更新中还添加了一项新功能。 默认情况下，Cell 会调用所有获得的组进行分组，但是，仅分析某个子组也非常有用。 例如，可以从所有细胞的总体分组中获得大量 T 细胞亚群。 如果对T细胞进行重组，可能会得到T细胞的几个亚群，如T细胞、Treg等。同时，Cell在数据处理过程中，主要是对卸载的油包水进行过滤，但它不适用于因油包水超载或油包水含有死细胞和细胞碎片而引起的双细胞。 将进行质量控制。 由于这些原因，Loupe 5.0 提供了交互式过滤和重新分组功能。 我们可以选择全部或部分感兴趣的细胞亚群。 使用UMI数、基因表达数、线粒体基因表达比等进行质控后，再进行分组，这样就可以得到感兴趣的亚组质控后进一步分组的结果。

在上一个视频和本视频中，我们了解了单细胞转录组的数据分析和展示。 下一个视频，我们将介绍单细胞免疫谱分析，敬请期待！