２１９年第４期信息技术与应用蛋白质数据库

这

图形显示窗口用于显示 3D 图形，用户可以在其中调整模型的大小、颜色和视角（图 1 显示了血红蛋白的 3D 结构）。GUI 界面由命令输入框和功能按钮组成，它们执行更复杂的功能。在使用过程中，只要用户用心，就会有所收获。传统的模型通常由橡皮泥、超轻粘土或软磁铁制成[1]。与物理模型相比，PyMOL软件构建的模型具有操作快速、使用方便、结构准确等特点。在下文中，笔者以DNA双螺旋为例，简要介绍了如何使用PDB数据库和PyMOL软件构建模型。1 获取DNA双螺旋结构文件 打开PDB数据库的URL，输入“DNA双螺旋”，搜索数据库中已有的DNA双螺旋结构，会立即出现许多DNA双螺旋结构图（图2）。需要说明的是，PDB 数据库中的每个结构都有一个唯一的“标识”，称为 PDB ID。PDB ID右侧有一个下载按钮，点击“下载文件”下载结构文件。提取下载的文件以获取“.pdb”格式或“.cif”格式的结构文件。打开PyMOL软件，在GUI界面点击“File/”，打开解压文件。

此外，您还可以在GUI界面点击“/PDB ”，在弹出的对话框中输入“PDB ID”，打开所需的结构文件。 2 构建DNA双螺旋结构的三维模型，以PDB ID为5I50的DNA结构为例，演示如何使用PyMOL。在 PDB 中输入 5I50，复杂的结构将出现在图形窗口中（图 3），这是 DNA 和蛋白质的复杂结构。为了获得易于教学的模型，笔者需要利用PDB数据库和 Su Kai（江苏省淮安市盱仪中学）构建DNA双螺旋的三维模型 摘要： 模型构建是高中生物教学中常用的方法之一。从教学效果来看，该模型可以使学生更直观、更深入地理解教学内容。PDB数据库是专门研究蛋白质、核酸等生物大分子3D结构的数据库，PyMOL是广泛应用的生物大分子3D结构软件。利用PDB数据库和PyMOL软件，可以构建DNA双螺旋结构的三维模型，该模型可分为获取DNA双螺旋结构文件、构建模型、保存使用三个步骤。关键词： PDB数据库;PyMOL的 ;DNA双螺旋;3D模型;施工 产品编号： 1004-2326 （ 2019 ） 04-0041-02图1 PyMOL软件操作界面 41 ·万方数据